CRESTビッグデータ利活用推進のための次世代アプリケーション技術の創出・高度化プロジェクト

大規模生物情報を活用したパンデミックの予兆、予測と流行対策
大規模生物情報を活用したパンデミックの予兆、予測と流行対策

メンバー紹介

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研究代表者(代表4機関)

名前:西浦 博
所属:北海道大学大学院医学研究科
肩書:教授
役割:プロジェクト研究総括,大規模データを利用した感染症の数理モデル

 

略歴:
2002年 宮崎医科大学医学部医学科卒業
2006年 広島大学大学院医歯薬総合研究科修了(保健学博士)
2005~7年 チュービンゲン大学医系計量生物学研究所 研究員
2007~11年 ユトレヒト大学理論疫学 博士研究員・さきがけ研究者
2011~13年 香港大学公衆衛生大学院 助理教授
2013~16年 東京大学大学院医学系研究科 准教授
2016年以降 北海道大学大学院医学研究科 教授


名前:樋口 知之
所属:統計数理研究所
肩書:所長
役割:効率的なデータ同化手法の提案

 

略歴:
1989年 東京大学理学系研究科地球物理学専攻博士課程修了.
同年統計数理研究所予測制御研究系予測理論研究部門助手.
1994年 同部門助教授.
2002年 統計数理研究所予測制御研究系システム解析研究部門教授.
2003年 統計数理研究所予測発見戦略研究センター・センター長.
2004年 統計数理研究所副所長(研究企画担当).
2011年からデータ研究開発センター・センター長.
同年から統計数理研究所所長. および情報・システム研究機構理事.


名前:伊藤 公人
所属:北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター
肩書:教授
役割:感染症のミクロ情報とマクロ情報を融合する解析アルゴリズムの開発

 

略歴:
1992年 北海道大学工学部電気工学科卒業
1994年 北海道大学大学院工学研究科電気工学専攻修士課程修了
1999年 北海道大学大学院工学研究科電気工学専攻博士後期課程修了(博士(工学))
1999年7月 北海道大学大学院工学研究科講師(中核的研究機関研究員)
2002年4月 北海道大学大学院工学研究科リサーチアソシエイト
2004年4月 北海道大学大学院情報科学研究科助手
2005年5月 北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター国際疫学部門助教授
2007年4月 同 准教授
2015年4月 同 教授
研究紹介:
情報科学を人獣共通感染症対策の発生・流行予測と予防に活用するバイオインフォマティクス技術の研究を行っている。主にインフルエンザに関して、過去に流行したインフルエンザウイルスの遺伝子情報を大規模に解析して、将来の変異を予測する技術を開発している。本プログラムでは、大学院における情報科学教育を担当し、人獣共通感染症の発生と流行に与る諸因子を解析するためのデータ解析法および生物統計を指導する。情報科学分野培われた研究手法を獣医学分野の研究・教育に導入することにより、総合的判断力と広い識見を備えた人獣共通感染症対策およびケミカルハザード対策の専門家の育成に資することを目指す。


名前:佐藤 佳
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス病態研究領域
肩書:助教
役割:HIV感染ダイナミクスの解析、HIV感染ヒト化マウスモデルの解析

 

略歴(学歴、職歴):
1982年4月 山形県生まれ
2001年3月 山形県立山形東高校 卒業
2005年3月 東北大学農学部 卒業
2010年3月 京都大学医学研究科医学専攻 修了(3年次早期修了)、医学博士
2010年4月~6月 日本学術振興会特別研究員PD
2010年7月~2012年7月 京都大学ウイルス研究所附属新興ウイルス研究センター 特定助教
2012年8月~現在 京都大学ウイルス研究所ウイルス病態研究領域 助教(現職)
2015年7~10月 MRC-University of Glasgow(英国) Visiting Scientist
賞与:
2012年 第13回ECC山口メモリアルエイズ研究奨励賞(日本エイズ学会)
2015年 杉浦奨励賞(日本ウイルス学会)
研究紹介:
ヒト免疫不全ウイルス(HIV)はヒトにのみエイズを引き起こすウイルスであるため、その感染病態を動物モデルを用いて再現・解析するのはきわめて困難でした。
私たちは、ヒト免疫システムを再構築した「ヒト化マウス(humanized mouse)」モデルを用いることで、HIV感染病態を再現できる実験動物モデルの作出に成功しました。
この動物モデルを用い、HIVがエイズを引き起こすメカニズムの研究を進めています。
近年の実験解析技術の飛躍的向上により、詳細かつ膨大な実験データの取得が可能となってきました。
ウイルス学的解析から得られた実験データを数理科学的に解析することで、主観的見地からのみは見出すことができない「真の」ウイルス感染ダイナミクスを定量的に明らかにすることを目的とし、日々研究に励んでいます。
そして、さまざまなウイルスのプロフェッショナルと数理科学者の共同研究により、インフルエンザウイルスやエボラウイルス、肝炎ウイルスの感染ダイナミクスを明らかにするための学際融合研究「システムウイルス感染症学」を展開しています。


 

統計数理研究所

名前:齋藤 正也
所属:統計数理研究所データ同化研究開発センター
肩書:特任准教授
役割:並列計算機を用いたデータ同化計算

 

略歴:
2005年 総合研究大学院大学数物科学研究科天文科学専攻博士後期課程修了.
同年産業技術総合研究所システム検証研究センターテクニカルスタッフ.
2006年 同センター特別研究員.
2008年 科学技術振興機構CREST研究員。
2009年 統計数理研究所データ同化センター特任研究員.
2012年より同センター特任助教。
2015年 東京大学大学院医学系研究科特任助教.
同年10月より統計数理研究所データ同化センター特任准教授.
研究紹介:
逐次ベイズフィルタを数理モデルに適用して、流行予測や想定する介入シナリオの費用対効果の評価を行う研究に取り組んでいます。感染伝播の数理モデルは非線形性が強く、計算量の大きいモンテカルロ・ベースの手法に頼らざるを得ません。そこで、所内データ同化スーパーコンピュータ「A」などを活用することにより、高計算量を要する手法を感染症数理の課題で「当たり前に」利用できるようにする環境整備にも取り組んでいます。


名前:中野 慎也
所属:統計数理研究所
肩書:助教
役割:数理モデル構築とデータ同化


名前:有吉 雄哉
所属:統計数理研究所データ同化研究開発センター
肩書:特任研究員
役割:数理モデル構築とデータ同化


名前:藤原 伸子
所属:統計数理研究所
肩書:技術補佐員
役割:研究事務・研究補助業務


 

京都大学佐藤チーム

名前:渡士 幸一
所属:国立感染症研究所ウイルス第二部
肩書:主任研究官
役割:肝炎ウイルスの解析


名前:野田 岳志
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス微細構造研究領域
肩書:教授
役割:インフルエンザウイルス、エボラウイルスの増殖機構の解析


名前:守田 智
所属:静岡大学学術院工学領域
肩書:准教授
役割:数理モデリング、数値計算、統計解析


九大-岩見

名前:岩見 真吾
所属:九州大学大学院理学研究院生物科学部門
肩書:准教授
役割:数理モデリング、数値計算、統計解析


東大-稲葉寿

名前:稲葉 寿
所属:東京大学大学院数理科学研究科
肩書:教授
役割:数理モデルの作成と解析


京大(佐藤)-中野

名前:中野 雄介
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス病態研究領域
肩書:博士研究員
役割:HIV感染ダイナミクスの解析、ウイルス・宿主共進化メカニズムの解析


京大(佐藤)-山田

名前:山田 英里
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス病態研究領域
肩書:大学院生(D2)
役割:ウイルス・宿主共進化メカニズムの解析、HIV感染ヒト化マウスモデルの解析


京大(佐藤)-森脇

名前:森脇 美優
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス病態研究領域
肩書:大学院生(M1)
役割:HIV感染ダイナミクスの解析、HIV感染ヒト化マウスモデルの解析


京大(野田)-中野名前:中野 雅博
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス微細構造研究領域
肩書:特定研究員
役割:インフルエンザウイルスの増殖機構の解析


京大(野田)-村本

名前:村本 裕紀子
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス微細構造研究領域
肩書:特定研究員
役割:インフルエンザウイルス・高病原性鳥インフルエンザウイルスの病原性解析


京大(野田)-神道

名前:神道 慶子
所属:京都大学ウイルス研究所ウイルス微細構造研究領域
肩書:特定研究員
役割:インフルエンザウイルスの増殖機構の解析


感染研-九十田

名前:九十田 千子
所属:国立感染症研究所ウイルス第二部
肩書:協力研究員
役割:肝炎ウイルスの解析、デザイナー


感染研-岩本

名前:岩本 将士
所属:国立感染症研究所ウイルス第二部
肩書:研究生
役割:肝炎ウイルスの解析、イベントプランナー


感染研-深野

名前:深野 顕人
所属:国立感染症研究所ウイルス第二部
肩書:研究生
役割:肝炎ウイルスの解析、幹事


感染研-大橋

名前:大橋 啓史
所属:国立感染症研究所ウイルス第二部
肩書:研究生
役割:肝炎ウイルス、デングウイルスの解析、工作メカニクス担当


感染研-金子

名前:金子 学
所属:国立感染症研究所ウイルス第二部
肩書:研究生
役割:肝炎ウイルスの解析、野外活動


九大-柿添

名前:柿添 友輔
所属:九州大学大学院システム生命科学府
肩書:一貫制博士課程D3(博士課程D1)
役割:データ解析


九大-伊藤

名前:伊藤 悠介
所属:九州大学大学院システム生命科学府
肩書:一貫制博士課程D1(修士課程M1)
役割:データ解析


九大-布野

名前:布野 孝明
所属:九州大学大学院システム生命科学府
肩書:一貫制博士課程D1(修士課程M1)
役割:コンピュータシミュレーション


九大-小泉

名前:小泉 吉輝
所属:金沢大学医薬保健学域医学類
肩書:学部5年生
役割:数理モデリング


九大-岩波

名前:岩波 翔也
所属:九州大学大学院システム生命科学府
肩書:一貫制博士課程D1(修士課程M1)
役割:確率シミュレーション


 

北海道大学伊藤チーム

名前:坂井 哲
所属:北海道大学大学院理学研究科
肩書:准教授
役割:感染症流行モデルの数学的解析


名前:Des Higgins
所属:Conway Institute of Biomolecular and Biomedical Science, University College Dublin
肩書:教授
役割:感染症病原体遺伝子情報の解析


名前:大森 亮介
所属:北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター
肩書:助教
役割:感染症の伝播ネットワークの解析


 

北海道大学西浦チーム

名前:水本 憲治
所属:北海道大学大学院医学研究科社会医学講座 衛生学分野
肩書:特任准教授
役割:疫学モデルと遺伝学モデルの融合と実装,ヒト移動を加味した予測モデル構築


名前:木下 諒
所属:北海道大学大学院医学研究科社会医学講座 衛生学分野
肩書:博士課程D1、学術研究員
役割:数理モデルの実装と並列計算のプログラミング


名前:ナ・ギヨンア
所属:北海道大学大学院医学研究科社会医学講座 衛生学分野
肩書:特任助教
役割:疫学モデルと遺伝学モデルの融合と実装,ヒト移動を加味した予測モデル構築


名前:浅井 雄介
所属:北海道大学大学院医学研究科社会医学講座 衛生学分野
肩書:助教
役割:疫学モデルと遺伝学モデルの融合と実装,ヒト移動を加味した予測モデル構築


名前:松山 亮太
所属:北海道大学大学院医学研究科社会医学講座 衛生学分野
肩書:博士研究員
役割:疫学モデルと遺伝学モデルの融合と実装,ヒト移動を加味した予測モデル構築


名前:中岡 慎治
所属:東京大学大学院生産技術研究所
肩書:特任助教
役割:疫学モデルと遺伝学モデルの融合と実装,ヒト移動を加味した予測モデル構築


 

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